周筱帆教授在《Systematic Biology》发表研究论文

发布者:蒙丽发布时间:2019-09-04浏览次数:254

  近日,我校群体微生物研究中心周筱帆教授在进化生物学领域顶级国际期刊《Systematic Biology》(IF=10.266)上在线发表了题为“Quartet-based computations of internode certainty provide robust measures of phylogenetic incongruence”的研究论文(文章链接:https://academic.oup.com/sysbio/advance-article/doi/10.1093/sysbio/syz058/5556115)。本论文由周筱帆教授和美国范德堡大学Antonis Rokas教授等人合作完成,周筱帆教授为该论文第一作者,我校群体微生物研究中心为该论文的第一作者单位。 


  物种进化关系是进化生物学研究中的核心问题之一。当前的研究常使用基因组水平的大规模数据来重建物种进化树,然而基因进化树之间以及基因树和物种树之间的不一致(基因树冲突)是基因组数据中广泛存在的问题。因此,准确评估基因树冲突的水平对物种进化关系研究结果的正确解释具有重要影响。IC(Internode Certainty)法是目前分析基因树冲突水平所常用的方法。然而传统的IC法以二分法(bipartition)为基础,在理论基础上存在一定缺陷,且无法很好的处理实际数据中经常出现的基因或物种缺失的情况。

  针对上述问题,该研究提出以四元组(quartet)为基础的算法,对IC法进行了重大改进。通过大量拟合数据和实际数据的分析表明,改进后的IC法表现明显优于现有方法。研究结果将为今后的系统发育基因组学研究提供重要帮助。  

  该项研究是周筱帆教授自2016年11月加入我校群体微生物研究中心工作以来发表的第三篇IF>10的论文。近年来,周筱帆教授在进化基因组学和生物信息学领域取得了一系列研究成果,其中包括2018年发表在国际知名学术期刊《Molecular Biology and Evolution》(第一作者;IF=14.797)和《Cell》(共同第一作者;IF=36.216)上的两篇研究论文。上述工作得到国家重点基础研究发展计划(973计划)和万家彩票开户科研启动经费的支持。另外,周筱帆教授为本科生开设的《生物信息学》课程已被纳入万家彩票开户2019年度高水平大学建设“全英课程”建设项目。 (文/图 群体微生物研究中心 周筱帆 高翔)  



(责任编辑:蒙丽)


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